Organizacja Międzynarodowych Warsztatów Muzycznych Musica pro Europa to według prof. Krystyny Krzyżanowskiej-Łobody największe osiągnięcie w skali całej działalności zespołu.
Pomysł narodził się w 1997 r., czyli w rok po powstaniu AZM. Na początku warsztaty nie miały charakteru cyklicznego, a założenia obejmowały tylko jednorazową imprezę – we współpracy z Narewską Orkiestrą Symfoniczną zorganizowano Polsko-Estońską Akademię Muzyczną People to People International. Przydomek „Musica pro Europa” projekt zyskał dopiero w 2002 roku.
Do udziału w warsztatach, zapraszane są chóry, orkiestry symfoniczne oraz dyrygenci z różnych krajów Europy. Spotkania te są doskonałą okazją do integracji środowisk twórczych z krajów europejskich, dającą możliwość sprawnej realizacji nagrań utworów o dużym aparacie wykonawczym – oratoriów lub mszy. Koncert finałowy Międzynarodowych Warsztatów Muzycznych odbija się szerokim echem w radiu i telewizji. W koncercie Carmina 2000 udział wzięło ponad 350 wykonawców, a niezwykłe widowisko z pokazem świateł, baletem i sztucznymi ogniami podziwiały tysiące widzów.
Do dnia dzisiejszego, w ramach warsztatów Musica Pro Europa zostały wykonane następujące dzieła:
I MWM Carmina 2000 (2000): Carl Orff, Carmina Burana;
II MWM Fide Integrati (2001): Aleksander Tichonowicz Greczaninow, Liturgia domestica op. 79;
III MWM Musica pro Europa (2002): Ortwin Benninghoff – oratorium Mensch, Gott aus Erdenkind, polskie prawykonanie utworu dedykowanego Krystynie Krzyżanowskiej-Łobodzie;
IV MWM Musica pro Europa (2003): utwory gospel w opracowaniach Norberta Blachy;
V MWM Musica pro Europa (2004): widowisko multimedialne z utworem Carla Orffa Carmina Burana i koncert nadzwyczajny w ramach obchodów akcesji Polski do Unii Europejskiej;
VI MWM Musica pro Europa (2005): Felix Mendelssohn-Bartholdy, Psalmy nr 115 i 43, koncert festiwalowy Przekroczyć próg nadziei, poświęcony pamięci Św. Jana Pawła II;
VII MWM Musica pro Europa (2006): Giuseppe Verdi, Requiem d-moll;
VIII MWM Musica pro Europa (2007): Georg Friedrich Haendel, Mesjasz;
IX MWM Musica pro Europa (2008): Gioacchino Rossini, Stabat Mater;
X MWM Musica pro Europa (2011): Gabriel Faure, Requiem, Christoph Schoepsdau, New York Mass;
XI MWM Musica pro Europa (2013): Johannes Brahms, Ein Deutsches Requiem;
XII MWM Musica pro Europa (2016): Wolfgang Amadeus Mozart, Requiem d-moll KV626, Antonín Dvořák, Requiem op. 89;
XIII MWM Musica pro Europa (2019): Stanisław Moniuszko, III Litania Ostrobramska, Wolfgang Amadeus Mozart, Wróbla Msza C-Dur KV 220 (Spatzenmesse).